这个成语的出处来源于西汉· 司马迁《 史记· 孙子吴起列传》：“约束既布，乃设鈇钺，即三令五申之”。
史记记载，春秋时候，著名军事学家孙武，他携带自己写的《孙子兵法》去见吴王阖闾。
吴王看过之后说：“你的十三篇兵法，我都看过了，能否拿我的军队试试？”孙武说可以。
吴王再问：“用妇女来试验可以吗？”孙武也说可以。
于是吴王召集一百八十名宫中美女，请孙武训练。孙武将她们分为两队，用吴王宠爱的两个宫姬为队长，并叫她们每个人都拿着长戟。
队伍站好后，孙武便发问：“你们知道怎样向前向后和向左向右转吗？”众女兵说：“知道。”
孙武再说：“向前就看我心胸；向左就看我左手；向右就看我右手；向后就看我背后。”
众女兵说：“明白了。”
于是孙武使命搬出铁钺（古时杀人用的刑具），三番五次向她们申戒。说完便击鼓发出向右转的号令。怎知众女兵不单没有依令行动，反而哈哈大笑。 孙武见状说：“解释不明，交代不清，应该是将官们的过错。”
于是又将刚才一番话详尽地再向她们解释一次。再而击鼓发出向左转的号令。众女兵仍然只是大笑。
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孙武便说：“解释不明，交代不清，是将官的过错。既然交代清楚而不听令，就是队长和士兵的过错了。”
说完命左右随从把两个队长推出斩首。吴王正座在高台上兴致勃勃地看热闹，忽然看见那两个宠姬被押出去斩首，大吃一惊。
他做梦也想不到孙武会这样认真，就马上派人跑去对孙武求情说：“我已经知道将军是很能用兵的了。但是，要是没有这两个女姬，我吃东西都没味了，请不要杀她们。”
孙武说：“将军统兵在外，即使是君王的命令，有时也可以不听从。”
他坚决把两个姬妾斩了，同时另外任命两位宫女做队长。宫女们很害怕，孙武再次发令时，所有的宫女都整齐认真地操练，不敢再当作儿戏了。吴王也不得不佩服孙武的才能。
不久，孙武向吴王报告说：“军队已经操练完毕，请大王检阅。您可以随心所欲地指挥她们，即使是命令他们赴汤蹈火也不会违抗命令了。”
吴王因为失去两个宠姬，正在痛心后悔，就没好气地说：“你回宾馆休息吧，我不想检阅了。”
孙武有些不满，叹口气说：“大王只是欣赏我的兵法理论，却不支持我实行啊！”
但是吴王也终究赏识孙武的卓越的军事才能，后来还是任命了他做大将，统率吴军大破楚军，一直攻入楚国的郢都；吴国威震中原，成为崛起的东方的霸主，连晋、齐等大国也甘拜下风。
这故事原出于《 史记》的《孙子吴起列传》。后来；人们把孙向女兵再三解释的做法，引伸为“三令五申”，即反覆多次向人告诫的意思。例如某地政府向食品商店屡次告诫食品要清洁卫生，以免损害顾客健康，我们便可说：对于食品商店要保证清洁卫生，政府已“三令五申”，大家都早已知道了。
“三令五申”中“三令”是什么，“五申”又是什么呢？宋代曾公亮撰写的《武经总要》一书中记载了三令五申的具体所指。
“三令”，一令观敌人之谋，视道路之便，知生死之地；二令听金鼓、视旌旗，以齐耳目；三令举斧钺，以宜其刑赏。“五申”，一申赏罚，以一其心；二申视分合，以一其途；三申画战阵旌旗；四申夜战听火鼓；五申听令不恭，视之以斧钺。实际上，它是教育将士应该在战争中和军事行动中明确作战原则。现则用来表示再三命令或告诫之意。“
